(1)区域性质保税区是海关监管的特殊区域，不具备海关治外法权。
(2)海关监管海关以管理威海货架保税仓库的办法来管理保税区直接管理区内的每个企业，限制了保税区各企业的自主贸易业务的开展。
(3)贸易管理中国对保税区的贸易限制很多，保税区贸易企业没有迸出口经营权.无法开展国际贸易。国内的货物经保税区出口，须实际离城，才能给予追税。
(4)外汇管理中国保税区内企业在购汇和结汇上，比保税区外企业限制要多回
(5)保税区的功能从目前的发展来看，保税区进口贸易功能相对较强，多数保税区发展进口分拨物流并无明显优势。随着关税水平干.调，进口保税分拨的政策优势还将逐步减弱。
(6)物流服务业的可扩展性国家在设立保税区时并未建立统一的评价指针，现有的大多数保税区都发展成了加工制造型的特殊经济区域，物流服务业的发展空间受到制约。
(7)发展转口贸易及相关物流业务的政策与管理体制尚未建立保税区与港口分离，口岸功能受到限制，保税区内企业从事贸易和贸易支持服务活动的自由度很低，"境内关外"和"-线放开.二线管住，区内自由"的原则没有得到落实。中国保税区发展出现功能错位的一个重要原因，是由于发展自由贸易港区的政策和管理体制尚未建立。为了支持保税区向自由贸易港区转型，中国不仅要调整现有的保税区政策，还要制定我国保税区的支持性政策。